El segundo descenso a la Segunda División Profesional aconteció en la temporada 2005-06. Esta temporada tuvo la particularidad de ser la primera en jugarse según el calendario europeo, por lo que el Apertura se jugó en la segunda mitad del 2005 y el Clausura en el primer semestre del 2006. Tuvieron que descender tres equipos al final del Apertura y otros dos tras el Clausura. Más de 70.000 almas hicieron estremecer el estadio Monumental al corear a voz en cuello «Muñeeeeco», en un adiós a pura emoción del DT, camiseta de uruguay 2022 que con el millonario ganó 14 títulos en ocho años.
