En la temporada 2008-09 el club revalidó su doblete de liga y copa conseguido en la temporada anterior 2007-08. El 21 de julio de 2009, el Partizán eliminó al Rhyl FC, campeón de Gales, camiseta suiza con un resultado de 8-0 y 12-0 en el global de la eliminatoria. En la Copa de la UEFA 2007-08 el Partizán fue expulsado y sancionado con una multa de 30.056 € tras los graves incidentes contra los seguidores rivales durante el derbi balcánico ante el HŠK Zrinjski Mostar, después de ganarles por un marcador global de 11-1. Las temporadas 2007-08 y 2008-09 se mantendrán como unas de los más exitosas en la historia del fútbol doméstico para el club.
