El último trofeo ganado antes de la desintegración de Yugoslavia fue la Supercopa Yugoslava de 1989, la primera y única organizada, y el prestigioso Uhrencup que se juega cada año en Suiza, y esa temporada el Partizán fue el tercer trofeo de la temporada. Después de la desintegración de RFS Yugoslavia, el Partizán ganó dos títulos consecutivos en 1993 y 1994. Posteriormente logró tres campeonatos en 1996, 1997 y 1999. Partizán también ganó las copas nacionales en 1992, 1994 y 1998. El hombre clave de estos trofeos fue Ljubiša Tumbaković, camiseta suiza 2022 que se convirtió en el técnico más exitoso en la historia del Partizán.